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Vers Une Modélisation Plus Réaliste Des Systèmes Biologiques
ISBN-13: 9786131591969 / Francuski / Miękka / 2018 / 156 str.
La plupart des fonctions A(c)nergie potentielle utilisA(c)es pour simuler les systA]mes biologiques complexes ne traitent qu''implicitement la polarisation A(c)lectronique et ce, de faAon trA]s incomplA]te. Bien qu''efficaces pour un large A(c)ventail d''applications, ces champs de force atteignent rapidement leurs limites dA]s lors que les effets de polarisation A(c)lectronique sont importants. Dans cette thA]se, j''ai dA(c)veloppA(c) une approche basA(c)e sur la mA(c)canique quantique pour obtenir des paramA]tres d''un champ de force polarisable ayant pour composantes des charges, des polarisabilitA(c)s distribuA(c)es d''ordre zA(c)ro et un (isotrope) et un potentiel de van der Waals dA(c)crit par une fonction de Buckingham. L''A(c)nergie d''induction peut Aatre attA(c)nuA(c)e par une fonction de Tang et Toennies pour dA(c)crire l''A(c)nergie d''A(c)change-induction. Cette approche a A(c)tA(c) effectuA(c)e avec succA]s pour l''interaction d''ions avec l''eau et le benzA]ne mais aussi dans le cas d''un dimA]re d''eau. Une premiA]re A(c)tude des rA(c)sultats en dynamique molA(c)culaire montre que les paramA]tres obtenus en phase gazeuse peuvent se transfA(c)rer pour les simulations en phase condensA(c)e.
La plupart des fonctions énergie potentielle utilisées pour simuler les systèmes biologiques complexes ne traitent quimplicitement la polarisation électronique et ce, de façon très incomplète. Bien quefficaces pour un large éventail dapplications, ces champs de force atteignent rapidement leurs limites dès lors que les effets de polarisation électronique sont importants. Dans cette thèse, jai développé une approche basée sur la mécanique quantique pour obtenir des paramètres dun champ de force polarisable ayant pour composantes des charges, des polarisabilités distribuées dordre zéro et un (isotrope) et un potentiel de van der Waals décrit par une fonction de Buckingham. Lénergie dinduction peut être atténuée par une fonction de Tang et Toennies pour décrire lénergie déchange-induction. Cette approche a été effectuée avec succès pour linteraction dions avec leau et le benzène mais aussi dans le cas dun dimère deau. Une première étude des résultats en dynamique moléculaire montre que les paramètres obtenus en phase gazeuse peuvent se transférer pour les simulations en phase condensée.
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