Un Cadre Formel Pour l''annotation Experte Des G�nes Eucaryotes » książka
Un Cadre Formel Pour l''annotation Experte Des G�nes Eucaryotes
ISBN-13: 9786131517297 / Francuski / Miękka / 2018 / 176 str.
L''annotation, qui consiste a identifier la position du ou des transcrits correspondant a chaque gene, est une phase incontournable de la valorisation de la sequence du genome. Plusieurs methodes ont ete proposees pour automatiser cette tache mais l''annotateur de reference reste l''expert humain. Celui-ci utilise ses connaissances en biologie pour interpreter une gamme de donnees provenant de diverses sources qu''il a accumulees automatiquement sur un locus particulier du genome, et applique ensuite un certain nombre de regles heuristiques a ces donnees. L''approche quasi manuelle de l''annotateur n''est toutefois pas applicable a l''ensemble des genomes eucaryotes, et nous avons donc cherche a developper une methode automatique qui suive le meme processus que l''expert humain. Pour ce faire, Exogean utilise des multi-graphes orientes acycliques colores (DACMs) ou les sommets sont des objets biologiques (exons, transcrits), et les multiples couleurs d''aretes entre les sommets sont des relations entre ces objets, derivees de l''expertise humaine. Les DACMs sont parcourus suivant des chemins qui repliquent les regles suivies par l''expert humain lorsqu''il analyse les donnees."
Lannotation, qui consiste à identifier la position du ou des transcrits correspondant à chaque gène, est une phase incontournable de la valorisation de la séquence du génome. Plusieurs méthodes ont été proposées pour automatiser cette tâche mais lannotateur de référence reste lexpert humain. Celui-ci utilise ses connaissances en biologie pour interpréter une gamme de données provenant de diverses sources quil a accumulées automatiquement sur un locus particulier du génome, et applique ensuite un certain nombre de règles heuristiques à ces données. Lapproche quasi manuelle de lannotateur nest toutefois pas applicable à lensemble des génomes eucaryotes, et nous avons donc cherché à développer une méthode automatique qui suive le même processus que lexpert humain. Pour ce faire, Exogean utilise des multi-graphes orientés acycliques colorés (DACMs) où les sommets sont des objets biologiques (exons, transcrits), et les multiples couleurs darêtes entre les sommets sont des relations entre ces objets, dérivées de lexpertise humaine. Les DACMs sont parcourus suivant des chemins qui répliquent les règles suivies par lexpert humain lorsquil analyse les données.
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