ISBN-13: 9786131535314 / Francuski / Miękka / 2018 / 124 str.
Avec l'avA]nement des technologies basA(c)es sur l'ADN, les mA(c)thodes molA(c)culaires de dA(c)tection bactA(c)rienne (e.g. la Polymerase Chain Reaction (PCR)) sont progressivement en train de remplacer les mA(c)thodes de dA(c)tection traditionnelles basA(c)es sur la culture cellulaire et la caractA(c)risation biochimique de souches. Les amorces de PCR sont des petites sA(c)quences d'ADN qui vont permettre de cibler une rA(c)gion gA(c)nA(c)tique A amplifier. La nature de leur sA(c)quence va donc conditionner la spA(c)cificitA(c) et la couverture (ou sensibilitA(c)) de la dA(c)tection par PCR. Au cours de ma thA]se, je me suis intA(c)ressA(c) aux amorces de PCR qui ont A(c)tA(c) publiA(c)es dans la littA(c)rature scientifique. J'ai A(c)laborA(c) plusieurs procA(c)dures automatisA(c)es (pipelines) de bioinformatique pour (1) rechercher toutes les sA(c)quences d'un gA]ne, (2) tous les articles scientifiques qui traitent de ce gA]ne, (3) toutes les amorces PCR issues de cette littA(c)rature, et (4) vA(c)rifier leur efficacitA(c), i.e. leur spA(c)cificitA(c) et leur couverture vis A vis de l'espA]ce bactA(c)rienne ciblA(c)e. Le site internet http: //patho-genes.org regroupe tous les rA(c)sultats et le logiciel (Oligomer-Extractor) qui ont A(c)tA(c) dA(c)veloppA(c)s au cours de mes travaux.
Avec lavènement des technologies basées sur lADN, les méthodes moléculaires de détection bactérienne (e.g. la Polymerase Chain Reaction (PCR)) sont progressivement en train de remplacer les méthodes de détection traditionnelles basées sur la culture cellulaire et la caractérisation biochimique de souches. Les amorces de PCR sont des petites séquences dADN qui vont permettre de cibler une région génétique à amplifier. La nature de leur séquence va donc conditionner la spécificité et la couverture (ou sensibilité) de la détection par PCR. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé aux amorces de PCR qui ont été publiées dans la littérature scientifique. Jai élaboré plusieurs procédures automatisées (pipelines) de bioinformatique pour (1) rechercher toutes les séquences dun gène, (2) tous les articles scientifiques qui traitent de ce gène, (3) toutes les amorces PCR issues de cette littérature, et (4) vérifier leur efficacité, i.e. leur spécificité et leur couverture vis à vis de lespèce bactérienne ciblée. Le site internet http://patho-genes.org regroupe tous les résultats et le logiciel (Oligomer-Extractor) qui ont été développés au cours de mes travaux.