Alignements Locaux Par Programmation Linéaire En Nombres Entiers » książka
Alignements Locaux Par Programmation Linéaire En Nombres Entiers
ISBN-13: 9786131532474 / Francuski / Miękka / 2018 / 108 str.
DA(c)tecter des similaritA(c)s et des homologies entre protA(c)ines est une A(c)tape cruciale du processus d'annotation des gA(c)nomes. Afin de dA(c)tecter des homologies, les alignements de sA(c)quences, globaux ou locaux, sont couramment utilisA(c)s. NA(c)anmoins, dans la zone d'ombre, nous devons utiliser les mA(c)thodes de reconnaissance de repliements. Dans ce domaine, le problA]me du Protein Threading (PTP) utilise des paramA]tres pairA(c)s pour aligner globalement une sA(c)quence de protA(c)ine avec une structure de protA(c)ine. A notre connaissance, il n'existe pas de mA(c)thode d'alignement local utilisant des paramA]tres pairA(c)s. A partir du PTP, nous proposons cinq modA(c)lisations mathA(c)matiques de ces alignements locaux qui ont A(c)tA(c) implA(c)mentA(c)es et testA(c)es grA ce au logiciel CPLEX 10.0. Nous avons ensuite dA(c)veloppA(c) un algorithme dA(c)diA(c) permettant de rA(c)soudre un de ces modA]les. Cet algorithme utilise des techniques connues en recherche opA(c)rationnelle: la sA(c)paration-A(c)valuation, la descente de sous-gradient et la relaxation lagrangienne. Bien que les alignements locaux soient d'une plus grande complexitA(c), nous montrons qu'ils sont rA(c)alisables et qu'ils amA(c)liorent la qualitA(c) des alignements.
Détecter des similarités et des homologies entre protéines est une étape cruciale du processus dannotation des génomes. Afin de détecter des homologies, les alignements de séquences, globaux ou locaux, sont couramment utilisés. Néanmoins, dans la "zone dombre", nous devons utiliser les méthodes de reconnaissance de repliements. Dans ce domaine, le problème du "Protein Threading" (PTP) utilise des paramètres pairés pour aligner globalement une séquence de protéine avec une structure de protéine. À notre connaissance, il nexiste pas de méthode dalignement local utilisant des paramètres pairés. À partir du PTP, nous proposons cinq modélisations mathématiques de ces alignements locaux qui ont été implémentées et testées grâce au logiciel CPLEX 10.0. Nous avons ensuite développé un algorithme dédié permettant de résoudre un de ces modèles. Cet algorithme utilise des techniques connues en recherche opérationnelle: la séparation-évaluation, la descente de sous-gradient et la relaxation lagrangienne. Bien que les alignements locaux soient dune plus grande complexité, nous montrons quils sont réalisables et quils améliorent la qualité des alignements.
Czytaj nas na:
KrainaKsiazek.PL - Księgarnia Internetowa
