In einem Japan, in dem große Teile des Landes zu Gefahrengebieten erklärt worden sind, weil die gefährlichen Götter über sie herrschen, erwischt der Wissenschaftler Tokinaga eine junge Frau namens Waka dabei, wie sie durch einen Grenzzaun starrt. Als er sie zur Rede stellt, behauptet sie, sie sei hergekommen, um eine Freundin zu treffen. Tokinaga weiß, dass sie ihn anlügt, doch er ist sich nicht bewusst, dass Waka die Kraft besitzt, das Schicksal der Welt zu verändern ...

Tokinaga hat erkannt, dass unheimliche Kräfte in Waka schlummern, und sie mit ins Institut zur Erforschung der Götter genommen, um ihr zu helfen. Seine Kollegen hegen jedoch die Hoffnung, die junge Dame als Waffe gegen die Götter einsetzen zu können, und beschließen ihre Fähigkeiten im Kampf zu testen.

Bei einem Ausflug werden Tokinaga, Waka und ihre Begleiter vom Institut überraschend von einem Schlangengott angegriffen. Während die anderen von ihm verschluckt werden, wird Waka entführt und einem der Götter vorgeführt. Dort muss sie Erschreckendes über ihre Vergangenheit und sich selbst erfahren.

Der Schlangengott hat die Kontrolle über den Körper von Akio Minami übernommen und dessen Verlobte, die Ärztin Yoriko Tatsuno, entführt. Zu welchem Zweck vermag sich niemand vorzustellen - doch könnten sich dadurch auch neue Handlungsoptionen für die Menschen eröffnen.

Tokinaga kann den Schlangengott überzeugen, gemeinsame Sache mit den Menschen zu machen, um die anderen Götter auszulöschen. Die Götter hingegen bereiten ihrerseits den Weg, größeren Einfluss auszuüben ...