Děj Kryptonomikonu se odvíjí souběžně ve dvou časových rovinách: za druhé světové války a na přelomu tisíciletí. V kapitolách ze starší doby vystupuje mimo jiné Lawrence Pritchard Waterhouse, matematický génius, který má za úkol zamaskovat skutečnost, že Spojenci prolomili proslulou německou šifru Enigma. Protagonistou současné linie je Lawrenceův vnuk Randy Waterhouse, programátor a spolutvůrce „datového ráje“ v sultanátu Kinakuta. Oba příběhy ruku v ruce osvětlují dva různé světy, přičemž jeden přímo vyrůstá z vyhraných bitev...

Melisanda Stokesová je odbornice na starověké jazyky. Když se na chodbě univerzity náhodou sejde s Tristanem Lyonsem, jenž se zabývá vojenskou rozvědkou, netuší, že se ocitla na prahu událostí, které naruby obrátí nejen její život, ale i lidské dějiny. Mladík jí totiž navrhne cosi neuvěřitelného: aby mu pomocí překladů pečlivě tajených dávných dokumentů pomohla dokázat, že magie kdysi existovala a byla provozována. Až příchod osvícenství a moderní vědy ji oslabil a nakonec zcela zničil. Magie podle pramenů zmizela v roce 1851 – a Tristan je...