Nathan ist ein ganz normaler Junge. Doch als er den quirligen Yo-kai "Whisper" aus einem Spielzeugautomaten befreit, erhält er zum Dank eine Zauber-Uhr. Mit dieser Yo-kai Watch kann Nathan all die kunterbunten Wesen sehen, die man Yo-kai nennt. Sie treiben allerlei Schabernack mit den Menschen und Nathan hat ab jetzt alle Hände voll zu tun, um die Yo-kai für sich zu gewinnen. Als Whisper dann aber entführt wird, muss Nathan all seine Yo-kai Freunde zu einem letzten Gefecht versammeln, um ihn aus den Fängen der Yo-kai World zu befreien.