Genesis B. Naparan schloss seinen Bachelor of Arts in Philosophie an der Xavier University, Cagayan De Oro City, Philippinen, ab. Anschließend machte er seinen Master of Arts in Guidance and Counseling am Saint Columban College in Pagadian City. Er schloss seinen Doktor der Philosophie im Hauptfach Bildungsmanagement an der La Salle University, Ozamis City, ab.