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Software Para El Diseno de Microarreglos Especificos
ISBN-13: 9783848458271 / Hiszpański / Miękka / 2012 / 92 str.
Se desarrollo el Programa de Seleccion de Sondas: PSS, un programa capaz de disenar parcial o totalmente microarreglos especificos con el fin de identificar organismos que sean muy semejantes entre ellos. Se eligio como modelo biologico el virus de papiloma humano (HPV) dada su implicacion en el desarrollo de cancer y la alta semejanza entre sus diferentes tipos y subtipos. Se selecciono el lenguaje Perl por su orientacion al manejo de datos biologicos y por su gran potencial en mineria de datos. La entrada de este programa es una huella genomica. Las que se usan en este trabajo fueron generadas utilizando un simulador de hibridaciones en microarreglos pero cualquier tabla de resultado de microarreglo (in vitro o in silico) puede utilizarse como alimentacion. Se utilizaron mas de 100 tipos virales de HPV para disenar y probar el PSS. Utilizando el PSS se seleccionaron las sondas optimas para un microarreglo especifico para HPV. Obtuvimos 200 sondas especificas para los virus de alto riesgo y 139 sondas para los virus de bajo riesgo. Tambien se seleccionaron sondas especificas para algunos tipos virales como HPV16 (30 sondas), HPV18 (40 sondas), HPV31 (35 sondas), HPV35 (36 sondas)"
Se desarrolló el Programa de Selección de Sondas: PSS, un programa capaz de diseñar parcial o totalmente microarreglos específicos con el fin de identificar organismos que sean muy semejantes entre ellos. Se eligió como modelo biológico el virus de papiloma humano (HPV) dada su implicación en el desarrollo de cáncer y la alta semejanza entre sus diferentes tipos y subtipos. Se seleccionó el lenguaje Perl por su orientación al manejo de datos biológicos y por su gran potencial en minería de datos. La entrada de este programa es una huella genómica. Las que se usan en este trabajo fueron generadas utilizando un simulador de hibridaciones en microarreglos pero cualquier tabla de resultado de microarreglo (in vitro o in silico) puede utilizarse como alimentación. Se utilizaron más de 100 tipos virales de HPV para diseñar y probar el PSS. Utilizando el PSS se seleccionaron las sondas óptimas para un microarreglo específico para HPV. Obtuvimos 200 sondas específicas para los virus de alto riesgo y 139 sondas para los virus de bajo riesgo. También se seleccionaron sondas específicas para algunos tipos virales como HPV16 (30 sondas), HPV18 (40 sondas), HPV31 (35 sondas), HPV35 (36 sondas)
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