Simulação de dados de experimentos de mapping by sequencing

ISBN-13: 9783330771130 / Portugalski / Miękka / 2017 / 60 str.

Fabricio Araujo

Opis

Avanc os recentes nas tecnologias de sequenciamento de nova gerac a o (NGS) reduziram o tempo necessa rio para a identificac a o de mutac o es em gene tica forward, uma das principais formas para caracterizac a o da func a o de genes em plantas. A metodologia utilizada para a identificac a o de mutac o es induzidas por agentes mutage nicos fi sicos ou qui micos em uma populac a o de mapeamento e conhecida como mapping-by-sequencing. Dentre as va rias te cnicas que utilizam esta metodologia, Next-generation mapping (NGM) ganha destaque por necessitar de um nu mero pequeno de mutantes na populac a o de mapeamento. Entretanto, nos trabalhos publicados, na o fica claro o porque da utilizac a o dos para metros usados para formac a o da populac a o de mapeamento (nu mero de indivi duos, nu mero de mutantes, forma de cruzamento) e para o sequenciamento (plataforma utilizada, me todo de sequenciamento, cobertura) nos experimentos. Por isso, desenvolveu-se um pipeline de bioinforma tica que possibilita a simulac a o de dados de experimentos que utilizam a te cnica de NGM com a planta modelo Arabidopsis thaliana, uma das plantas mais estudas e sequenciadas na literatura.

O autorze

Possui graduação em Sistemas de Informação pela Universidade Federal do Pará (2010) e mestrado em Genética e Biologia Molecular pela Universidade Federal do Pará (2016). Atualmente é bolsista de doutorado da Universidade Federal do Pará. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Bioinformatica.