Montagem de Genomas Bacterianos : Aplicativos computacionais para montagem de genomas bacterianos a partir de dados de sequenciadores de nova geração

ISBN-13: 9783659043192 / Portugalski / Miękka / 2012 / 72 str.

Rommel T. J. Ramos; Artur Silva

Opis

O processo de montagem de genomas é composto pelas etapas de tratamentos de dados, geração de contigs e finalização da montagem, que consiste na orientação e ordenação das sequências com ou sem o uso de uma referência. Apesar da existência de várias ferramentas para a execução da montagem, as etapas necessitam de adaptações para tratar dados de sequenciadores de próxima geração - NGS, caracterizados pela geração de grande quantidade de dados, bem como a redução do tamanho da leitura quando comparado com a metodologia de Sanger. Desta forma, este trabalho apresenta as ferramentas Quality Assessment para análise e filtro de qualidade de dados NGS, Simplifier para eliminar a redundância de sequências quando se utiliza abordagens hibridas de montagem com diferentes algoritmos ou plataformas de sequenciamento, e Graphical Contig Analyzer for All Sequencing Platforms - G4ALL para a orientação e ordenação dos contigs baseado em um genoma de referência, as quais objetivam otimizar o processo de montagem para dados NGS, possibilitando análises mais precisas além da redução de tempo de processamento, desde o tratamento dos dados até a etapa de geração do draft do genoma.

O autorze

Professor Assistante da Faculdade de Biotecnologia na Universidade Federal do Pará, graduado em engenharia de computação, mestre em bioinformática e aluno de doutorado na pós-graduação de Genética e Biologia Molecular. Desenvolve ferramentas de bioinformática para montagem de genomas e análise de transcriptoma para dados de sequenciadores NGS.