Montagem ab initio de genoma bacteriano » książka
Montagem ab initio de genoma bacteriano
ISBN-13: 9783639684902 / Portugalski / Miękka / 2014 / 124 str.
As tecnologias de sequenciamento de nova geracao geram um grande volume de dados, a um custo reduzido, realidade essa inimaginavel com sequenciamento de Sanger, e com isso diversos desafios computacionais surgiram, dentre estes a montagem ab initio, um dos desafios que merece destaque, pois logo que as tecnologias de nova geracao surgiram com leituras curtas variando de 25 a 100 pb, a comunidade cientifica se mostrou incredula quanto a possibilidade de montarmos genomas ab initio utilizando somente essas leituras curtas. Este trabalho tem como principal objetivo demonstrar que e possivel montar um genoma bacteriano utilizando somente leituras curtas pareadas de 25 nt. Foi desenvolvida uma estrategia hibrida que combina os contigs das melhores montagens ab initio obtidas pelas metadologias de grafo de Bruijn e Overlap Layout Consensus, apos essa etapa os contigs sao ordenados e orientados baseado em um genoma de referencia, gerando um scaffold preliminar, em seguida os gaps presentes neste scaffold sejam fechados in silico. Para validacao da estrategia foi utilizando o genoma da bacteria Corynebacterium pseudotuberculosis."
As tecnologias de sequenciamento de nova geração geram um grande volume de dados, a um custo reduzido, realidade essa inimaginável com sequenciamento de Sanger, e com isso diversos desafios computacionais surgiram, dentre estes a montagem ab initio, um dos desafios que merece destaque, pois logo que as tecnologias de nova geração surgiram com leituras curtas variando de 25 a 100 pb, a comunidade científica se mostrou incrédula quanto a possibilidade de montarmos genomas ab initio utilizando somente essas leituras curtas. Este trabalho tem como principal objetivo demonstrar que é possível montar um genoma bacteriano utilizando somente leituras curtas pareadas de 25 nt. Foi desenvolvida uma estratégia híbrida que combina os contigs das melhores montagens ab initio obtidas pelas metadologias de grafo de Bruijn e Overlap Layout Consensus, após essa etapa os contigs são ordenados e orientados baseado em um genoma de referência, gerando um scaffold preliminar, em seguida os gaps presentes neste scaffold sejam fechados in silico. Para validação da estratégia foi utilizando o genoma da bactéria Corynebacterium pseudotuberculosis.
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