Gafur Muka a obtenu en 1978 un master en ingénierie topographique et en 1990 un doctorat de l'université polytechnique de Tirana. Pendant trois ans, il a travaillé comme ingénieur géomètre dans la mine de chromite de Bulqiza. Il a suivi une formation à la Montanuniversitaet de Loeben et à la RWTH d'Aix-la-Chapelle. Depuis 1981, il est chargé de cours à la faculté de géologie et d'exploitation minière.