Biologische Anwendung von Spiro-Verbindungen

ISBN-13: 9786205176610 / Miękka / 52 str.

Asaraf Ali Mohamed Kassim; Venu Sanjeevi Lakshmipathi

Opis

Die Moleküle wurden mit der Freeware ACD Chemsketch 12 gezeichnet, gefolgt von einer Energieoptimierung mit dem Kraftfeld MMFF94 unter Verwendung von TINKER. Die pdb der Proteine wurden von der Protein-Datenbank (www.rcsb.org) heruntergeladen. Die Proteine wurden zunächst einer Energieminimierung und Protonierung unterzogen, gefolgt von der Erkennung der "Site Identification". Der Rezeptor und die Wirkstoffkandidaten wurden vor dem eigentlichen Docking optimiert, gefolgt vom Docking in MOE 2012.10 unter Verwendung des im Handbuch der Software genannten Standardverfahrens. Die Moleküle wurden an das aktive Zentrum angedockt, wobei das "Kraftfeld" als Verfeinerungstechnik mit den Standardeinstellungen von MOE 2012.10 verwendet wurde. Alle neu synthetisierten Moleküle wurden an das aktive Zentrum von AChE angedockt (pdb- 1GQR, Röntgenauflösung = 2,20 Ao). Für die vorliegende Analyse wurde die Enoyl-Acyl-Carrier-Protein-Reduktase (InhA) von M. tuberculosis verwendet, die die NADH-spezifische Reduktion von 2-trans-Enoyl-ACP katalysiert (pdb: 2H7M, Auflösung = 1,62Å). Der Einfachheit halber und zu Vergleichszwecken geben wir stellvertretend die Docking-Posen für die aktive Verbindung jeder Serie an.

O autorze

Professor Asaraf Ali Mohamed Kassim erwarb seinen Bachelor of Engineering mit Auszeichnung und seinen Master of Engineering in Elektrotechnik an der NUS und seinen Doktortitel an der Carnegie Mellon University. Bevor er an die NUS kam, war Ashraf Kassim in der Bildverarbeitungsforschung bei Texas Instruments tätig.