Les parents d'Hector Malot sont Marie-Anne-Victoire Le Bourgeois et Jean Baptiste Malot. Quand ils se marient le 30 septembre 1826, il s'agit pour tous les deux de leur second mariage.En effet, Marie-Anne-Victoire Le Bourgeois, née en 1797 à Jumièges, s'est mariée, en janvier 1818, à Laurent Narcisse Le largue, capitaine au long cours. Celui-ci meurt six années plus tard de la fièvre jaune au large des Antilles. Elle a eu avec lui deux enfants : Zoé Véronique (1820) et Édouard Joseph (1822).Quant à Jean Baptiste Malot, notaire et maire de La Bouille, il épouse, en 1809, Reine Cécile Boulon avec laquelle il a deux enfants : Cécile (1810) et Prudence (1812). Elle meurt en 1821.De l'union de Marie-Anne-Victoire et Jean-Baptiste, naît d'abord Victor (qui meurt en bas âge), puis, Hector, le 20 mai 1830. Celui-ci voit le jour au sein de la demeure familiale de La Bouille, sur les bords de la Seine.Quelques heures après sa naissance, un voilier amarré devant la demeure vire brutalement et dangereusement vers celle-ci. Il brise la vitre de la chambre du nouveau-né avec son mât de beaupré. Lorsque la foule accourt, elle trouve le petit Hector dormant paisiblement comme si rien n'était arrivé : elle y voit là le présage d'une destinée peu commune.