Angewandte Bioinformatik: Eine Einführung

ISBN-13: 9783540007586 / Niemiecki / Miękka / 2003 / 282 str.

Paul Maria Selzer;Richard Marhöfer;Andreas Rohwer

Opis

Durchblick durch die Informationsflut einer aufstrebenden WissenschaftAls die Bioinformatik noch in den Kinderschuhen steckte, waren Programmierkenntnisse notig, um mit den kryptischen Programmen zu arbeiten. Ihren Boom verdankt sie dem rasanten Wachstum im Bereich Informatik und den damit einher gehenden Hard- und Software-Entwicklungen sowie dem Siegeszug des WWW.Heute gehoren Techniken wie Sequenzsuchen mit dem BLAST-Algorithmus, paarweise und multiple Sequenzvergleiche, Abfragen biologischer Datenbanken, die Erstellung phylogenetischer Untersuchungen und vieles mehr zum taglichen Handwerkszeug eines Naturwissenschaftlers.Der Leser lernt die biologischen Grundlagen, die Werkzeuge der Bioinformatik, ihre Verfugbarkeit, den Ort ihrer Verfugbarkeit und ihr sicheres Handhaben kennen.Ubungen, die an jedem PC mit Internetzugang durchgefuhrt werden konnen, helfen, das Gelernte zu vertiefen.Diese Einfuhrung in die "angewandte Bioinformatik" strukturiert eine komplexe wissenschaftliche Thematik."

Recenzje

Aus den Rezensionen:

"... Das Buch führt den Leser konsequent anhand einer Vielzahl sinnvoll ausgewählter und didaktisch gut aufgearbeiteter Beispiele von der ersten Berührung mit UNIX-Betriebssystemen über die Erstellung und Nutzung von Sequenz- und Strukturdatenbanken bis hin zu Konzepten der modernen Wirkstoffentwicklung. Zum Verständnis ... helfen die ... Übungen mit sauber ausgearbeiteten ... Musterlösungen, die ... auf Internet-basierte und frei verfügbare Programme aufbauen ... Ein gelungener Einstieg in die biologische Seite der Bioinformatik ... Mein Gesamteindruck ist durchweg positiv und ich möchte das Werk jedem Einsteiger in die Bioinformatik ... empfehlen." (Gisbert Schneider, in: BIOspektrum, 2008, Vol. 14, Issue 6, S. 668)

Spis treści

1 Computer, Betriebssysteme und Internet.- 1.1 Computer und Betriebssysteme.- 1.2 Internet und WWW.- 1.3 Die physikalische Anbindung an das Internet.- 1.4 Die logische Anbindung an das Internet.- 1.5 Internet-Services.- 1.5.1 Email.- 1.5.2 News.- 1.5.3 FTP.- 1.5.4 WorldWide Web.- 1.6 Die Benutzung von Unix.- 1.7 Übungen.- 1.8 WWW-Verweise.- 1.9 Literatur.- 2 Die biologischen Grundlagen der Bioinformatik.- 2.1 Nukleinsäuren und Proteine.- 2.2 Aufbau der Nukleinsäuren DNA und RNA.- 2.3 Die Speicherung der genetischen Information.- 2.4 Aufbau der Proteine.- 2.4.1 Primärstruktur.- 2.4.2 Sekundärstruktur.- 2.4.3 Tertiär- und Quartärstruktur.- 2.5 Übunge.- 2.6 WWW-Verweise.- 2.7 Literatur.- 3 Biologische Datenbanken.- 3.1 Biologisches Wissen wird in globalen Datenbanken gespeichert.- 3.2 Primäre Datenbanken.- 3.2.1 Nukleotid-Sequenzdatenbanken.- 3.2.2 Protein-Sequenzdatenbank.- 3.3 Sekundäre Datenbanken.- 3.3.1 PROSITE.- 3.3.2 PRINTS.- 3.3.3 Pfam.- 3.3.4 Interpro.- 3.3.5 SCOP.- 3.3.6 CATH.- 3.4 Übunge.- 3.5 WWW-Verweise.- 3.6 Literatur.- 4 Sequenzvergleiche und sequenzbasierte Datenbanksuchen.- 4.1 Paarweise und multiple Sequenzvergleiche.- 4.2 Datenbanksuchen mit Nukleotidund Proteinsequenzen.- 4.2.1 Wichtige Algorithmen zur Datenbanksuche.- 4.3 Software zur Sequenzanalyse.- 4.4 Obunge.- 4.5 WWW-Verweise.- 4.6 Literatur.- 5 Die Entschlüsselung eukaryotischer Genome.- 5.1 Die Sequenzierung kompletter Genom.- 5.1.1 Die Charakterisierung von Genomen mit STS- und EST-Sequenzen.- 5.1.2 Genetische Ursachen fur individuelle Unterschiede.- 5.2 Übungen.- 5.3 WWW-Verweise.- 5.4 Literatur.- 6 Proteinstrukturen und Structure-Based-Rational-Drug-Design.- 6.1 Proteinaufba.- 6.2 Signalpeptide.- 6.3 Transmembranproteine.- 6.4 Proteinstrukturanalyse.- 6.4.1 Proteinmodellierung.- 6.4.2 Die Bestimmung von Proteinstrukturen im Hochdurchsatzverfahren.- 6.5 Structure-Based-Rational-Drug-Design.- 6.5.1 Ein Beispiel fur Docking.- 6.5.2 Erfolge des Structure-Based-Rational-Drug-Designs.- 6.6 Übunge.- 6.7 WWW-Verweise.- 6.8 Literatur.- 7 Die funktionelle Analyse von Genomen.- 7.1 Die Identifizierung der zellularen Funktionen von Genprodukten.- 7.1.1 DNA-Microarrays.- 7.1.2 Serial Analysis of Gene Expression.- 7.1.3 Proteomics.- 7.2 Übungen.- 7.3 WWW-Verweise.- 7.4 Literatur.- 8 Vergleichende Genomanalysen.- 8.1 Das Zeitalter der Genomsequenzierung.- 8.2 Wirkstoffforschung am Zielprotein.- 8.3 Vergleichende Genomanalysen geben Aufschluss über die Biologie von Organismen.- 8.3.1 Die Genomstruktur.- 8.3.2 Kodierende Regionen.- 8.3.3 Nicht-kodierende Regionen.- 8.4 Vergleichende Stoffwechselanalysen.- 8.4.1 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes.- 8.5 Gruppen orthologer Proteine.- 8.6 Übungen.- 8.7 WWW-Verweise.- 8.8 Literatur.- Lösungen zu den Übungen.

O autorze

Prof. Dr. Paul M. Selzer studied Biology, Parasitology, and Biochemistry at the University of Tübingen, Germany, where he also received his PhD in Biochemistry. He spent three years in the parasitology and tropical disease laboratory of Prof. James H. McKerrow at the University of California, San Francisco (UCSF). During his professional career he worked as researcher and scientific manager for several pharmaceutical companies, being currently employed by Intervet Innovation GmbH, Germany, part of a leading Animal Health company. Dr. Selzer is also a visiting Professor and teacher in Biochemistry, Bioinformatics, and Chemoinformatics at the University of Tübingen, and holds an Honorary Professorship in the Department of Infection and Immunity at the University of Glasgow, UK.