Analyse und algorithmische Erweiterung von Methoden zum strukturellen Vergleich von Proteinbindestellen

ISBN-13: 9783640946204 / Niemiecki / Miękka / 2011 / 108 str.

Timo Krotzky

Opis

Diplomarbeit aus dem Jahr 2010 im Fachbereich Informatik - Bioinformatik, Note: 1,5, Johann Wolfgang Goethe-Universitat Frankfurt am Main (Knowledge Engineering & Bioinformatics), Sprache: Deutsch, Abstract: Die automatisierten Vergleiche von Proteinbindestellen haben sich zu einem wichtigen Element des computergestutzten Drug design entwickelt, um etwa mogliche Nebenwirkungen schon in einer fruhen Entwicklungsphase detektieren zu konnen. Das Ziel dieser Arbeit ist es, Bindetaschenvergleiche der Datenbank "Relibase" zu optimieren. Die Reprasentationen der Bindestellen, die als Eingaben fur die Vergleichsalgorithmen dienen, werden dafur in Bezug auf ihre physikochemischen Eigenschaften unscharfer erfasst. Dadurch sollen abstrakte Taschenvergleiche gelingen, die weitreichendere Strukturahnlichkeiten zwischen Bindetaschen erkennen konnen, als es bisher moglich war. Auerdem wird die raumliche Struktur (Konvexitat bzw. Konkavitat) einzelner Oberflachenbereiche in die Vergleiche miteinbezogen. Die dreidimensionale Form von Bindetaschenregionen wurde bislang noch nicht von den Vergleichsalgorithmen bewertet, sondern nur durch eine nachtragliche Filterung der Ergebnisse berucksichtigt. Es soll deshalb untersucht werden, ob sich die Ergebnisse durch diese Erweiterungen der Vergleichsalgorithmen verbessern lassen.