Nanjundi Prabhu a étudié le génie civil à JNNCE, Shimoga, et a obtenu une maîtrise en ingénierie des ressources en eau à UVCE, Université de Bangalore, ainsi qu'un doctorat sur la durabilité et la gestion des eaux souterraines à l'Université de Bangalore. Il a publié plusieurs livres et documents de recherche au niveau national et international.