Comparaison de S�quences R�p�t�es En Tandem » książka
Comparaison de S�quences R�p�t�es En Tandem
ISBN-13: 9786131509063 / Francuski / Miękka / 2018 / 244 str.
Les sA(c)quences rA(c)pA(c)tA(c)es en tandem sont une classe de sA(c)quences gA(c)nA(c)tiques constituA(c)es de motifs adjacents dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cet ouvrage, nous traitons le problA]me de leur comparaison par alignement. Notre modA]le considA]re, en plus des trois opA(c)rations classiques: mutation, insertion et dA(c)lA(c)tion, l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la sA(c)quence, c'est-A -dire un ou plusieurs caractA]re(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copiA(c) A cAtA(c) du facteur original, la contraction est l'A(c)vA]nement inverse. Nous proposons une mA(c)thode donnant un score d'alignement entre deux sA(c)quences rA(c)pA(c)tA(c)es en tandem. Le problA]me est difficile car les opA(c)rations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel A de l'algorithmique de graphe. Nous avons rA(c)alisA(c) un programme nommA(c) MS_Align qui implA(c)mente cette mA(c)thode. Il s'agit du premier programme capable d'aligner des cartes de minisatellites. A l'aide de ce programme, nous avons A(c)tudiA(c) des donnA(c)es biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre modA]le A(c)volutif s'applique bien A ce type de sA(c)quences d'ADN.
Les séquences répétées en tandem sont une classe de séquences génétiques constituées de motifs adjacents dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cet ouvrage, nous traitons le problème de leur comparaison par alignement. Notre modèle considère, en plus des trois opérations classiques : mutation, insertion et délétion, lamplification en tandem et la contraction en tandem. Lamplification copie un facteur de la séquence, cest-à-dire un ou plusieurs caractère(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copié à côté du facteur original, la contraction est lévènement inverse. Nous proposons une méthode donnant un score dalignement entre deux séquences répétées en tandem. Le problème est difficile car les opérations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel à de lalgorithmique de graphe. Nous avons réalisé un programme nommé MS_Align qui implémente cette méthode. Il sagit du premier programme capable daligner des cartes de minisatellites. À laide de ce programme, nous avons étudié des données biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre modèle évolutif sapplique bien à ce type de séquences dADN.
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